財政部南區國稅局列出營業人申報營業稅常見錯誤三樣態，第一，貨物售出後有瑕疵，營業人之間約定退貨或折讓的營業稅額，未在退貨當期稅額中申報；第二，申報不屬於扣抵銷項稅額的進項憑證；第三，將已作廢的發票提出扣抵。

官員說明，依規定營業人當期銷項稅額扣減進項稅額後的餘額，為當期應納或溢付營業稅額；也就是說，如果營業人未正確申報而多報進項稅額，將造成當期應納營業稅額少報或多退營業稅額情形，除補徵稅款外，也會遭受處罰。
 

南區國稅局表示，營業人常見錯誤一、營業人因進貨退出或折讓而收回的營業稅額，應在發生進貨退出或折讓當期，將進項稅額中申報扣減。

舉例來說，甲公司在2022年5月向乙公司購買營業用機具一批，乙公司依規定開立銷售額新台幣100萬元、稅額5萬元的統一發票，幾天後因機具出現瑕疵於是退貨，不過甲公司卻未在當年5月、6月期申報該筆進貨退出折讓證明單，要求甲公司補報及補繳所漏稅額。

官員表示營業人另一常見錯誤為，將不屬於扣抵銷項稅額的進項憑證申報。

國稅局指出，不少營業人會將非供本業及附屬使用的貨物或勞務，申報抵扣。舉例來說，營業人A在2022年間，取得觀光旅館B股份有限公司發票共七張，進項金額為30萬元，申報扣抵銷項稅額1.5萬元。

經查核發現營業人A申報扣抵費用，是支付日商技術人員來台的住宿費，不過因日商人員來台營業人A已支付相關費用，住宿費實際由日商支付，因此營業人A不能將住宿費當作進項稅額扣抵，國稅局除依法追繳營業人A已扣抵稅額外，並依規定按所漏稅額處五倍以下罰鍰。

此外，官員提醒，實務上有部分營業人將作廢的發票提出扣抵，國稅局指出，曾有公司將以作廢發票誤報扣抵，事後營業人卻主張屬於減免罰標準規定的「登錄錯誤」免罰範圍。國稅局提醒，無論是將作廢發票誤報扣抵，或是誤報他人進項憑證的行為，都是違反營業稅法規定，皆沒有免罰規則。