高雄國稅局表示，企業辦理員工健康檢查，支付醫療院所體檢的費用，依據醫療院所類型不同，在辦理扣繳申報方面可分為三種；另外，員工健檢費用，應依該項健康檢查是否為法令所規範，列報為「薪資支出」或「職工福利」項目下的員工醫療費。

官員表示，企業支付體檢費用給特約的醫療機構，可分為三種情形辦理扣繳憑單申報。第一類，企業合作醫療院所為公立醫院時，免辦理扣繳稅款，也免填報扣繳憑單。
 

第二類，企業合作對象若為私立財團法人醫院、社團法人醫院，也不必扣繳所得稅，但因對象為民間單位，因此企業須在給付年度隔年1月底前，向稽徵機關列單申報扣繳憑單，所得類別選擇「其他所得」 。

第三類，企業特約健檢醫療院所，是和一般醫院、醫事檢驗所、診所合作，官員表示，這些單位和政府、非營利團體不同，屬於《所得稅法》當中所規定的執行業務者。因此，雇主在給付執業單位的勞務報酬時，應在給付時依規定扣繳率扣繳稅款；後續也有列單申報的義務，應在隔年1月底前，向稽徵機關辦理扣繳憑單申報，所得類別選擇「執行業務所得」。

另外，官員指出，企業實施的員工健康檢查，有的是基於《勞工安全衛生法》所規定，有的則是公司另外提供的福利措施。而員工健康檢查費用，應依該項健康檢查是否為法令所規範，來做不同的稅務處理。

官員說，對在職勞工應施行「定期健康檢查」、以及對從事特別危害健康的作業者，定期施行「特定項目的健康檢查」，此兩類依勞工安全衛生法規定，屬於企業負擔的健康檢查費用，免視為勞工薪資所得。

而雇主在雇用勞工時，施行的「體格檢查」，因為非勞工安全衛生法規定，而是員工自公司支領或給付的其他健康檢查費用，屬於勞工職務取得的補助費，應併計為員工的薪資所得，公司除可列為薪資支出外，應注意在發放時，依各類所得扣繳率標準辦理扣繳。