進入第4季，不少機關團體向財政部台北國稅局詢問有關結餘款使用計畫相關問題。北稅局表示，教育、文化、公益、慈善機關或團體（機關團體），如未能依原訂計畫執行，應儘速於原使用計畫屆滿之次日起算三個月內，向主管機關提出變更使用計畫申請，以免因未依使用計畫執行，致未符合免稅標準之規定，遭稽徵機關就全部結餘款依法補稅。

北稅局舉例說明，甲基金會2019年度結算申報其用於與創設目的有關活動之支出，未達各項收入60%，且結餘款超過50萬元，已就2019年度結餘款編列用於2020至2021年度的使用計畫，並報經主管機關查明同意。
 

該基金會因故須變更使用計畫支出項目、金額或無法於期間內執行完竣，最遲應於2022年3月31日前向主管機關申請變更使用計畫，且變更後之使用計畫期間合計仍以四年（即2020至2023年度）為限，即變更後使用計畫最後使用年度為2023年度。

依規定，機關團體於年度收支決算後，若支出未達收入60%，且結餘款超過50萬元者，得依「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」第2條第1項第8款第2目規定，就該結餘款編列用於次年度起算四年內與其創設目的有關活動支出之使用計畫，並經主管機關查明同意。

北稅局表示，報經主管機關查明同意後，機關團體應按該計畫確實執行，之後若有與原計畫支出項目、金額或期間不符者，依免稅標準第2條第4項規定，應於原使用計畫屆滿之次日起算三個月內，檢附變更後之使用計畫送主管機關查明同意，且變更前、後之使用計畫所定結餘款用於與創設目的有關活動支出之期間合計仍以四年為限。

北稅局提醒，機關團體經主管機關同意其結餘款經費保留使用者，應依使用計畫確實執行，稽徵機關各年度均會列管追蹤查核。倘機關團體未依報經核准之使用計畫使用完畢，稽徵機關將就全部結餘款，依法課徵該結餘款發生年度之所得稅。